No ano seguinte assinaria com Aguinaldo Silva a mal-sucedida Partido Alto. A total imcompatibilidade de idéias entre os dois autores ficou evidente, levando Aguinaldo a afastar-se da novela e Glória, ao final desta, da emissora. Em 1987 escreveu a polêmica Carmem, na Rede Manchete. Em 1990 retorna à Globo para escrever a elogiadíssima minissérie Desejo, baseada na vida de Anna de Assis. No mesmo ano emplaca no horário das seis um antigo projeto: a novela Barriga de Aluguel.

O sucesso desses dois trabalhos traz-lhe a consagração definitiva e em 1992 Glória assina sua primeira telenovela-solo em horário nobre na Globo: De Corpo e Alma. Apesar do sucesso, esta novela ficou marcada mais pela morte da filha da autora, Daniela Perez, assasinada por um companheiro de elenco, do que pela história em si. Em 1995 Glória retorna à telinha com a pouco inspirada Explode Coração. Escreveria ainda a minissérie Hilda Furacão e alguns episódios da série Mulher. Em 1998 assina o remake de Pecado Capital, mas não conseguiu entusiasmar o público. Entre 2001 e 2002 escreve um dos maiores sucessos de nossa teledramaturgia moderna: O Clone.

A marca de Glória Perez em suas novelas é a preocupação com questões sociais levadas ao grande público: barriga de aluguel, transplante de órgãos (De Corpo e Alma), crianças desaparecidas (Explode Coração), clonagem humana e drogas (O Clone), e deficiência visual (América).